Juan Carlos Villalonga a fondé en 1985 à Rosario l’organisation civile Taller Ecologista, qui œuvre à la défense et à la préservation de façon intégrée de l’environnement en mettant en place des campagnes de sensibilisation, de recherche et de plaidoyer politique. En 1994, il rejoint Greenpeace Argentina, dont il sera le directeur politique et le directeur des campagnes pendant seize ans. Il quitte Greenpeace en 2011 pour adhérer à Los Verdes, une organisation politique écologiste qui lutte pour la prise en compte de questions comme le changement climatique, la défense des droits de l’homme et le changement de modèle énergétique, entre autres, dans l’agenda politique. Il travaille depuis décembre 2013 au sein du gouvernement de la Ville de Buenos Aires, avec pour ambition d’améliorer les pratiques environnementales de sa ville et de la faire bénéficier de sa large expérience en ce domaine. Il est également membre du Conseil de direction de l’Autorité du bassin du Matanza-Riachuelo.